El Team Phoenix logró rescatar finalmente al famoso paciente Alpha, ¡que es nada más y nada menos que Astro Boy! Pero los problemas no terminan aquí ya que nuestros protagonistas deberán escapar de la Zona Hermética. Por otro lado, la nave en forma de Phoenix ha sido atacada y se encuentra gravemente dañada, pero gracias al ingenio de Sharaku podrá ser reparada. Pero… algo horrible ocurre, ¡el tercer ojo de su frente se abre y hace que cambie por completo y que luche en contra de sus amigos!